秦山核电站是我国第一座自行研究设计、自行建造的核电站，上海核工院是设计总体院。秦山核电站的科研设计工作分为三个阶段：
从1974年3月中央批准建设方案至1982年秦山厂址定点，这个阶段进行了大量的科研试验和厂址调查工作，为设计和设备制造奠定了基础；
从1983年至1991年8月，这个阶段完成了秦山核电站的设计、设备研制、追加科研试验、配合现场施工，调试及编制最终安全分析报告等工作。
1991年12月15日，秦山核电站正式并网发电。
整个历史过程，参加秦山核电科研攻关的有110多个大专院校、科研院所；参加设计的有7家设计单位；为工程提供设备、材料的有679家工厂，遍布全国26个省、直辖市、自治区；参加工程现场施工的有11个单位，2万多人。共计完成了400多项科研试验和攻关项目，为秦山厂的设计、建造、运行提供可靠依据。
上海核工院牵头完成了核岛设计和总体设计，主要有：核电站总体设计、核蒸汽供应系统及主设备设计（包括反应堆堆芯、核燃料组件、压力容器、堆内构件、控制棒驱动机构、蒸汽发生器、稳压器等）；工程设计（包括辅助系统、公用设施、布置设计、安全壳厂房和核辅助厂房等）；确保工程设计的完整性及各系统各子项相互接口的正确性。同时，参与或配合土建施工、设备制造、设备采购和安装调试。完成安全分析工作，编写最终安全分析报告，顺利通过了国家核安全局的安全审评。
上海核工院为我国首座自主建设的秦山核电站工程设计进行长期不懈的奋斗，结出了坚实的硕果，已被国际权威机构与组织所肯定，并为历史所证实。秦山核电站首次装料调试前，国际原子能机构核安全审评组专家经实地审查后，给中国政府的报告中写道：“专家们预期秦山核电工程300MW机组将是一个安全的、高质量的核电站”。
从1991年并网发电至今，秦山累积发电近550亿千瓦时，没有发生任何核安全事故，没有发生任何对环境产生影响的事件，各项环境辐射检测指标保持在天然本底水平，运行安全性能指标（SPI）达世界先进水平，获得世界核电营运者协会（WANO）的高度评价。
秦山核电站的成功建成，促进我国初步建立了包括核电研发体系、设计标准体系、设计管理体系、核电审评体系、核电材料体系、核电燃料体系、设备制造体系、核电人才体系在内的“八大体系”，成为中国核电发展的母机。
